Полагаю, вы сейчас не можете этого сделать. Вы можете использовать объекты MATLAB, но если вы хотите вызывать их методы, вам нужно создать для них функциональную оболочку, и они не будут сохранять состояние между вызовами.
Я думаю, что я прав, говоря, что с Builder для .NET, а не для Java, у вас есть возможность передавать объект .NET через границу в MATLAB, функциональность, которую вы можете использовать для поддержания любого состояния, которое вы сделал бы с объектом MATLAB. Возможно, вы сможете сделать нечто подобное с Java-объектом, используя Builder for JA, но я никогда не пробовал.