Не могу получить конечное значение IRange в R / Bioconductor - PullRequest
0 голосов
/ 17 марта 2012

Я новичок в пакете IRanges и не могу получить конечное значение IRange. Я могу получить значения начала и ширины без проблем, из-за чего я немного озадачен, и мой регистр / орфография конца соответствуют строке заголовка. Кто-нибудь еще сталкивался с этим или, пожалуйста, определите, что я делаю не так? Спасибо и это очень ценится!

library(IRanges)
> test=IRanges(100645,100664)

> test
IRanges of length 1
 start    end width
[1] 100645 100664    20

> test@start
[1] 100645

> test@width
[1] 20

> test@end
Error: no slot of name "end" for this object of class "IRanges"

Ответы [ 2 ]

3 голосов
/ 17 марта 2012

Самый простой способ получить доступ к полям объекта IRange - использовать вспомогательные функции: start(), end() и width(). Они вернут вектор со всеми элементами соответствующего столбца.

1 голос
/ 17 марта 2012

Нет опыта работы с пакетом, но на основе ?"class:Ranges":

end(test$ranges[1])

Это также поможет в будущем предоставить воспроизводимые данные выборки.

...