После долгих исследований и работ я обнаружил, что glBlendFuncSeparate не поддерживается в OpenGLES 1.1 для iOS на старых устройствах.
Самая простая работа, которую мы нашли (хотя она включает в себя больше вызовов отрисовки), заключается в использовании glColorMask. Вы маскируете альфа и устанавливаете режим смешивания и рисуете один раз, затем вы маскируете свой цвет и устанавливаете режим альфа смешивания и рисуете снова.
Надеюсь, это поможет другим с такой же проблемой!