Какую ОС вы используете?Как запустить Tomcat?
Скорее всего, после перезапуска Tomcat запускается из системной службы или из другой учетной записи пользователя и поэтому использует пустую базу данных (поскольку база данных относится к учетной записи пользователя).* Вы должны убедиться, что Tomcat всегда запущен из одной и той же учетной записи пользователя и есть разрешения на чтение / запись для каталога, в котором YouTrack хранит свои данные.