Проблема загрузки данных BSgenome для применения в функции пакета biostrings

Question

Я установил BSgenome, кажется, работает, но я не могу загрузить библиотеку.Следующий код из пакета Biostrings

     > require(BSgenome) 
     > require(Biostrings)      
    >    library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3)
    Error in library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) : 
      there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3'
    >   subject <- Dmelanogaster$chr3R
    Error: object 'Dmelanogaster' not found
    >   Lpattern <- "AGCTCCGAG"
    >   Rpattern <- "TTGTTCACA"
    >   matchLRPatterns(Lpattern, Rpattern, 500, subject) # 1 match
    Error in function (classes, fdef, mtable)  : 
      unable to find an inherited method for function "matchLRPatterns", for signature "standardGeneric"

Буду признателен за вашу помощь.Можете ли вы попробовать на своем компьютере, чтобы увидеть, если это работает для вас?что может быть потенциальной проблемой.

Answer 1

Благодаря Роману Люстрику работают следующие коды:

source("bioconductor.org/biocLite.R";) 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3") 
library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 
subject <- Dmelanogaster$chr3R 
Lpattern <- "AGCTCCGAG" 
Rpattern <- "TTGTTCACA" 
matchLRPatterns(Lpattern, 
Rpattern, 500, subject) # 1 match