Недостаточно просто переместить или удалить файл, вам нужно сообщить об этом Subversion и зафиксировать это изменение в хранилище.Это можно сделать с помощью инструмента командной строки svn, выполнив svn mv
для перемещения / переименования или svn rm
для удаления.После того, как вы сделаете коммит, изменения должны появиться на веб-сайте.Я не знаком с Netbeans, но уверен, что это можно сделать и там.