Один из подходов, возможно, заключается в предоставлении загрузочного приложения, которое определяет архитектуру и выбирает подходящий исполняемый файл для запуска. Так что в основном ярлык или что у вас есть для вашего приложения просто запускает загрузчик, который в свою очередь запускает соответствующее приложение. Это может быть немного сложнее, если ваше приложение является службой Windows.