Экспрессионс - феноданные - PullRequest
Новая
       14

Экспрессионс - феноданные

3 голосов
/ 09 сентября 2011

Я должен начать с того, что я только начинаю программировать, используя R. Я не могу создать набор выражений своих данных.Когда я пытаюсь соединить assaydata и phenodata вместе для создания expressionset, я получаю сообщение об ошибке:

Ошибка в validObject (.Object): недопустимый класс "ExpressionSet" ": sampleNames различаются между assayData иphenoData "

Пожалуйста, ознакомьтесь с примерами данных, созданной мной таблицей феноданных и R-программой.Я думаю, что феноданные должны быть изменены, чтобы это работало.

Пожалуйста, дайте мне знать, как решить эту проблему и изменить феноданные. 

AssayData                                                       
    0h-1    0h-2    6h-1    6h-2    12h-1   12h-2   24h-1   24h-2   48h-1   48h-2   72h-1   72h-2   96h-1   96h-2
171407  4.021342514 4.021342514 6.847201005 6.847201005 3.189312274 3.189312274 3.322687671 3.322687671 4.929574559 4.929574559 4.040127938 4.040127938 3.181587044 3.181587044
171415  267.8091012 267.8091012 358.8511895 358.8511895 266.4562608 266.4562608 210.259177  210.259177  243.1496956 243.1496956 248.2780935 248.2780935 235.7079055 235.7079055
171426  13.3620332  13.3620332  5.581083074 5.581083074 12.5236932  12.5236932  8.433621131 8.433621131 13.07390505 13.07390505 12.94673202 12.94673202 23.43214156 23.43214156
171453  37.65310777 37.65310777 27.88942772 27.88942772 54.7409581  54.7409581  78.86045287 78.86045287 63.61655487 63.61655487 67.31327606 67.31327606 62.35426899 62.35426899

PhenoData                                                       
        condition   time    rep                                         
0h-1    Control 0   1                                           
0h-2    Control 0   2                                           
6h-1    treatment   6   1                                           
6h-2    treatment   6   2                                           
12h-1   treatment   12  1                                           
12h-2   treatment   12  2                                           
24h-1   treatment   24  1                                           
24h-2   treatment   24  2                                           
48h-1   treatment   48  1                                           
48h-2   treatment   48  2                                           
72h-1   treatment   72  1                                           
72h-2   treatment   72  2                                           
96h-1   treatment   96  1                                           
96h-2   treatment   96  2

Мой код: 

library(""Biobase"")                                                        
library(""betr"")                                                                                                   
exprs <- as.matrix(read.table(""Timecourse-Assaydata.txt"", header=TRUE, sep=""\t"", row.names=1, as.is=TRUE))                                                      
pData <- read.table(""Timecourse-Phenodata.txt"", row.names=1, header=TRUE, sep=""\t"")                                                     
metadata <- data.frame(labelDescription = c(""Hour of treatment"", ""Treatment time"", ""number of replicates""), row.names = c(""condition"", ""time"", ""rep""))                                                      
phenoData <- new(""AnnotatedDataFrame"", data = pData, varMetadata = metadata)                                                  

exprspop <- new(""ExpressionSet"", exprs = exprs, phenoData = phenoData)

Ошибка в validObject (.Object): «недопустимый класс» «ExpressionSet» »объект: sampleNames различаются для assayData и phenoData"

1 Ответ

10 голосов
/ 09 сентября 2011

Правильное место для этого вопроса - на сайте поддержки Bioconductor .Лучше привести воспроизводимый пример, который отражает суть проблемы;создание воспроизводимого примера часто помогает определить причину проблемы. 

library(Biobase)

exprs <- matrix(0, nrow=5, ncol=3,
                dimnames=list(letters[1:5], LETTERS[1:3]))
pData <- data.frame(id=c("foo", "bar", "baz"),
                    row.names=c("x", "y", "z"))
phenoData <- AnnotatedDataFrame(data=pData)

, что приводит к 

> ExpressionSet(exprs, phenoData=phenoData)
Error in validObject(.Object) : 
  invalid class "ExpressionSet" object: sampleNames differ between assayData and
phenoData

Проблема заключается в том, что colname из exprs (т. е.названия образцов в эксперименте) отличаются от row.names из pData (т. е. описание образцов) 

> row.names(pData)
[1] "x" "y" "z"
> colnames(exprs)
[1] "A" "B" "C"

, и решение состоит в том, чтобы сделать их одинаковыми 

> colnames(exprs) <- row.names(pData)
> eset <- ExpressionSet(exprs, phenoData=phenoData)
> eset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: x y z
  varLabels: id
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

Дополнительные элементы могут быть добавлены в существующий ExpressionSet с помощью assayDataReplace(), например, 

> assayDataElement(eset, "foo") <- sqrt(exprs)
> eset
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs, foo 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: x y z
  varLabels: id
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:

или с самого начала 

> env = new.env()
> env$exprs = exprs
> env$sqrt = sqrt(exprs)
> lockEnvironment(env)
> ExpressionSet(env, pData=pData)
ExpressionSet (storageMode: environment)
assayData: 5 features, 3 samples 
  element names: exprs, sqrt 
protocolData: none
phenoData: none
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation:
...