Устройство строго учитывает регистр символов в именах файлов - убедитесь, что при загрузке шейдеров имена файлов, на которые есть ссылки в вашем коде, идентичны их фактическим именам файловой системы.
Кроме того, если вы находитесь в xCode 4, перейдите к настройкам Target Build Phases и убедитесь, что все используемые вами шейдеры находятся в ресурсах Copy Bundle Resources.
Наконец, если шейдеры появляются в 'Compile Sources', вы должны удалить их оттуда. Вам нужно будет очистить ваш проект, а затем пересобрать.