Файлы TeX должны быть полностью интерпретированы, прежде чем любой вид текста может быть надежно извлечен. Написание полноценного интерпретатора TeX на C # может оказаться реальной задачей, поэтому вместо этого я бы предложил использовать существующий интерпретатор, который может выводить формат, который может быть проанализирован более легко, например HTML.
Возможно, вы захотите написать регулярное выражение, чтобы просто убрать все \command, но это не даст вам очень точного результата, потому что некоторые команды выдают собственный текст, а [реже] некоторые команды поглощают текст, который следует за этим. Кроме того, вы столкнетесь с проблемами, когда символы меняют коды категорий, некоторые символы могут быть в активном коде категории, то есть сами по себе символы могут быть командами.