Ладно, конечно, некоторое время это было болезненно, но ответ пришел именно тогда, когда я опубликовал это.
Что Eclipse не говорит вам, так это когда вы копируете папки между проектами, скрытые папки также копируются. Это включает в себя папки .svn, которые содержат данные svn. Как только я избавился от них в недавно созданных папках, мои проблемы исчезли. Мне просто нужно найти, где игнорировать папки .svn при копировании файлов и папок в Eclipse.