Установите альфа на ноль перед анимацией, затем анимируйте альфа на единицу.
[fadingView setAlpha:0.0];
[containerView addSubview:fadingView];
[UIView beginAnimations:nil context:nil];
[fadingView setAlpha:1.0];
[UIView commitAnimations];
Перед удалением вида просто оживите альфа до нуля.