Ошибка установки генного плоттера - PullRequest
Новая
       7

Ошибка установки генного плоттера

3 голосов
/ 02 ноября 2011

У меня во время установки генного плоттера (пакет Bioconductor). Я использую R 2.14 на Linux Mint 9. Я думаю, что за это отвечает пространство имен, но я не знаю, как это исправить ...

Вот ошибка: 

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("geneplotter")
BioC_mirror: 'http://www.bioconductor.org'
Using R version 2.14, BiocInstaller version 1.2.0.
Installing package(s) 'geneplotter'
Installing package(s) into ‘/home/nicolas/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14’
(as ‘lib’ is unspecified)
essai de l'URL 'http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/src/contrib/geneplotter_1.31.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1387616 bytes (1.3 Mb)
URL ouverte
==================================================
downloaded 1.3 Mb

* installing *source* package ‘geneplotter’ ...
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices ...
*** tangling vignette sources ...
   ‘byChroms.Rnw’ 
   ‘visualize.Rnw’ 
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
  undefined exports: .__C__file, .__C__connection
Erreur : le chargement a échoué
Exécution arrêtée
ERREUR : le chargement a échoué
* removing ‘/home/nicolas/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.14/geneplotter’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpO1aY1T/downloaded_packages’
Message d'avis :
In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘geneplotter’ had non-zero exit status

Заранее спасибо,

Н.

1 Ответ

3 голосов
/ 02 ноября 2011

При более тщательном рассмотрении geneplotter не удалось собрать для первоначального выпуска.Таким образом, версия, которую вы выбираете, является предпоследней версией.Проблема, которую вы обнаружили, была исправлена ​​вчера, как раз к следующему циклу сборки.geneplotter должен корректно устанавливаться при правильной сборке, вероятно, в полдень PDT;ищите версию 1.32.1.Оглядываясь назад, не ТАК вопрос;список рассылки Bioconductor имеет почтовое средство , которое не требует подписки.

...