Это можно сделать, обратившись к коллекции AutoFilterValues в базовом DataGridCollectionView, в котором привязан DataGridControl.
Допустим, ваш экземпляр DataGridControl является "grid"
read:
(grid.ItemsSource as DataGridCollectionView) .AutoFilterValues ["header header"] *
запись: (grid.ItemsSource как DataGridCollectionView) .AutoFilterValues ["заголовок столбца"]. Add (0);