Без каких-либо примеров, все, что я могу сказать, это то, что, как правило, большинство ошибок, которые появляются только во время перекрестной проверки, связаны с тем, что одно из случайных сгибов оказывается «плохим». Это, очевидно, более распространено, если в вашем наборе данных мало наблюдений. Например, есть ли у вас какие-либо NA в ваших данных (может привести к целому сгибу NA)?
Вы можете обойти это, предварительно обработав ваши данные, но glmnet также позволит вам напрямую назначать сгибы через параметр foldid.