Я получил решение моей проблемы после того, как заметил, что объект flare.vis.Visualization был отключен от моего главного окна.
Вот как я решил проблему:
mx:Canvas id="container" // "main window" definition in app.mxml file
<mx:Script>
...
vis = new Visualization(data);
container.stage.addChild(vis); // make sure that you add the vis object
Теперь я перешел к точке 4. Управление визуализацией:)