Все нормально. Однако вам следует убедиться, что вы сделали недействительными соответствующие кэши JPA при выполнении прямых пакетных обновлений JDBC.
ОБНОВЛЕНИЕ: Кстати, вы можете рассмотреть возможность взглянуть на Spring Batch. Используя Spring Batch, вы можете делать пакетные обновления с помощью JPA или JDBC, если вы предпочитаете это.