После применения простой реакции я получаю следующее предупреждающее сообщение:
product 1 has no mapped atoms.
Я предполагаю, что это как-то связано с отображением атомов после реакции, но я включаю и указываю в формулу smarts:избегайте этого, позволяя RDKit знать, что делать с реагентами, которые я предоставляю, но я не могу понять, что означает это предупреждение.
Мой подход пока:
rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[Ch:1]-[C+1:2]>>[C:1]=[C+0:2].[H+]')
ps = rxn.RunReactants((Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C)=C/CC1'),))
Что приводит меня кследующее предупреждение:
product 1 has no mapped atoms.
При проверке продуктов и их улыбок я не вижу ничего странного, что может быть связано с предупреждением.
Chem.MolToSmiles(ps[0][0])
Out[16]: 'CC(C)=[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'
Chem.MolToSmiles(ps[1][0])
Out[17]: 'C=C(C)[C@H]1C/C=C(\\C)CC/C=C(\\C)CC1'
Любые подсказки?