Как добавить эллипс в анализе Bray NMDS в веганском пакете

Question

Я построил точечный график, используя веганский пакет, но я хочу обвести похожие виды. Как показано на рисунке, 3 цвета для 3 процедур. Я тоже хочу обвести их.

Вот мой код.

library(vegan)
library(MASS)
library(readxl)



bray1 <- read_excel("bray1.xlsx")

cols <- c("red", "blue","blue", "green","green","red","blue","green","green","red","red","blue")

row.names(bray1) <- c("SI1", "SII0", "SI0", "SII2", "SI2", "SII1", "SIII0", "SIV2", "SIII2", "SIV1", "SIII1", "SIV0")

bcdist <- vegdist(bray1, "bray")

bcmds <- isoMDS(bcdist, k = 2)


plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "")

text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols,size=10)

[Мои данные

bray1<-structure(list(`Andropogon virginicus` = c(0, 0, 0, 0, 2.7, 31.5333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Oenothera parviflora` = c(61.6,30.3333333333333, 7.53333333333333, 0, 11.7333333333333, 0, 0, 0,75.4, 0, 0, 0), `Lespedeza cuneata` = c(0, 0, 0, 0, 0, 46.7333333333333, 0, 0, 3, 0, 0, 0), `Lespedeza pilosa` = c(0, 1.93333333333333, 0,  0, 1.73333333333333, 0, 0, 0, 0, 1.7, 0, 0), `Chamaesyce maculata` = c(0, 0, 0,4.733333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Chamaesyce nutans` = c(0,0, 0, 0, 0,0, 0.166666666666667, 0, 0, 0, 0, 0), `Bidens frondosa` = c(0, 0, 0,1.76666666666667, 1.03333333333333, 3.23333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Erigeron annuus` = c(0, 0, 0, 0, 0.4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), `Erigeron canadensis` = c(0, 0, 0, 0, 0, 4.33333333333333, 0, 0, 9.1, 2.066666667, 0,0), `Equisetum arvense` = c(46, 62.7333333333333, 0, 1.66666666666667, 0, 0.533333333333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0),     `Erigeron sumatrensis` = c(0, 0, 0, 0, 0, 16.4333333333333,     0, 4, 0, 6.633333333, 0, 0), `Hypochaeris radicata` = c(0,     3.76666666666667, 116.6, 0, 5.033333333, 9.76666666666667,     29, 0, 23.1666666666667, 82.16666667, 0, 0), `Lactuca indica` = c(10.26666667,     0, 1.566666667, 120.1333333, 44.36666667, 42.0333333333333,     0, 14.2333333333333, 0, 0, 14.36666667, 22.2), `Solidago altissima` = c(0,     1.06666666666667, 33.93333333, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6.6, 0,     0), `Sonchus asper` = c(0, 35.9, 0, 0, 0, 7.46666666666667, 
29.6666666666667, 4.96666666666667, 0, 0, 0.23, 2.933333333    )), .Names = c("Andropogon virginicus", "Oenothera parviflora", "Lespedeza cuneata", "Lespedeza pilosa", "Chamaesyce maculata", "Chamaesyce nutans", "Bidens frondosa", "Erigeron annuus", "Erigeron canadensis", "Equisetum arvense", "Erigeron sumatrensis", "Hypochaeris radicata", "Lactuca indica", "Solidago altissima", "Sonchus asper"), row.names = c(NA, -12L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

Answer 1

Вот несколько альтернатив, основанных на функции dataEllipse в пакете car.Я сделал несколько небольших изменений в вашем базовом графике.Мне было трудно читать текст «зеленого» цвета, поэтому я переключил его на «темно-зеленый».Я изменил пределы построения, чтобы на изображении были полные эллипсы.Кроме того, ваше заявление text содержит аргумент size.text не имеет аргумента size, поэтому я заменил его на cex, чтобы установить размер шрифта.

library(car)

Group = c(1,2,2,3,3,1,2,3,3,1,1,2)
cols <- c("red", "blue","blue", "darkgreen","darkgreen","red","blue",
    "darkgreen","darkgreen","red","red","blue")

В первой версии я сделал то, что, как вы думаете, вы просили, - эллипсы, обозначающие группы лечения.

plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "", 
    xlim=c(-0.8,0.8), ylim=c(-0.8,0.8), asp=1)
text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols, cex=0.8)
dataEllipse(bcmds$points[,1], bcmds$points[,2], factor(Group),
    plot.points=F, add=T, col=c("red", "blue", "green"),
    levels=rep(0.6, 3), center.pch=0, group.labels="", lwd=1)

Во второй версии вместо использования контура эллипса я использую прозрачный цвет заливки для отображения эллипсов.

plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "", 
    xlim=c(-0.8,0.8), ylim=c(-0.8,0.8), asp=1)
text(bcmds$points, dimnames(bray1)[[1]],col = cols, cex=0.8)
dataEllipse(bcmds$points[,1], bcmds$points[,2], factor(Group),
    plot.points=F, add=T, col=c("red", "blue", "green"),
    levels=rep(0.6, 3), center.pch=0, group.labels="", 
    lty=0, fill=TRUE, fill.alpha=0.04)