Как построить эллипсы со значениями сходства Брея-Кертиса? - PullRequest
Новая
       27

Как построить эллипсы со значениями сходства Брея-Кертиса?

0 голосов
/ 03 апреля 2019

Я хочу провести анализ nMDS и добавить к моему графику эллипсы, которые представляют процент сходства Брей-Кертиса, но я не знаю, как это сделать с R, этот тип графики вы можете сделать сПРАЙМЕР, но я полагаю и с R.Как я могу это сделать?

Я хочу, чтобы моя графика выглядела так: график

1 Ответ

0 голосов
/ 04 апреля 2019

Я никогда не использовал PRIMER, и я не знаю, как эти графы должны рисоваться, но я должен догадаться по графику, который вы разместили.Может случиться так, что вы сначала получите кластерную дендрограмму (функция hclust), а затем обрежете ее по высоте дерева (функция cutree), а затем начертите для них вложенные эллипсы (vegan::ordiellipse(..., kind = "ehull")).Если так, это должно сработать: 

library(vegan)
data(BCI)
d <- vegdist(BCI)
ord <- metaMDS(d, trace=FALSE)
cl <- hclust(d, "average") # using average linkage
plot(cl, hang=-1)
rect.hclust(cl, h=0.4, border="red") # to see the clusters
rect.hclust(cl, h=0.5, border="cyan")
rect.hclust(cl, h=0.6, border="blue")
plot(ord) # then ordination & enclosing ellipses
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.4), kind="ehull", col="red", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.5), kind="ehull", col="cyan", lwd=2)
ordiellipse(ord, cutree(cl, h=0.6), kind="ehull", col="blue", lwd=2)

Я скорректировал пределы для текущей дендрограммы.ordiellipse выдаст вам сообщение об ошибке для каждого класса, состоящего из одного элемента, но они безвредны (я должен очистить функцию от них).

...