Как открыть и сохранить серию изображений в папке в R? - PullRequest
Новая
       12

Как открыть и сохранить серию изображений в папке в R?

1 голос
/ 17 июня 2019

Итак, у меня есть папка с несколькими n изображениями, которые я хочу открыть и сохранить с помощью функции readImage. Прямо сейчас коллега написал что-то похожее для открытия и хранения только названий изображений. Я хотел бы сделать следующее:

setwd ( "~ / ABC / One_Folder_Up")

img_src <- "FolderOfInterest" </p>

image_list <- list.files (path = img_src, pattern = "^ closed") </p>

Но с фактическими изображениями .tif, названными, например: closed100, closed101, .... closed201

Приведенный выше код отлично работает для получения имен. Но как я могу получить этот тип шаблона, но вместо этого открывать и сохранять изображения? На выходе получается большая матрица для каждого изображения.

Итак, для n = 1 до n я хочу выполнить следующее:

closed175 <- readImage ("closed175.tif") </p>

ave175 <- среднее (закрыто175) </p>

SD175 <- SD (закрыт175) </p>

Я предполагаю, что список изображений, показанный в первой части, может быть использован в нужном цикле?

Затем, после того, как изображения будут сохранены как их собственные матрицы и рассчитаны все средние и SD, я хочу поместить средние и SD в матрицу, подобную этой:

imavelist <- c (ave175, ave176, ...... ave200) </p>

Извините, не эксперт кодер. Спасибо!

изменить: может быть, просто?

edit2: если я использую это предложение ,

требуется (тепловизор)

closed_images <- lapply (closed_im_list, readImage) </p>

closed_im_matrix = do.call ('cbind', lapply (closed_images, as.numeric))

Затем мне нужен цикл для сохранения каждого элемента матрицы стека изображений как отдельного отдельного изображения.

1 Ответ

2 голосов
/ 17 июня 2019 
setwd("~/ABC/One_Folder_Up/FolderOfInterest/")
#for .tif format
image_list=list.files(path=getwd(), pattern = "*.tif")
# for other formats replace tif with appropriate format. 
f=function(x){
y=readImage(x)
mve=mean(y)
sd=sd(y)
c(mve,sd)
}

results=data.frame(t(sapply(image_list,f)))
colnames(results)=c("average","sd")

результат на 3 изображения: 

> results
                average        sd
Untitled.tif  0.9761128 0.1451167
Untitled2.tif 0.9604224 0.1861798
Untitled3.tif 0.9782997 0.1457034
>
...