всегда сообщать об ошибках: объект 'str' не вызывается в моем snakemake для рабочего процесса RNA-seq - PullRequest
Новая
       20

всегда сообщать об ошибках: объект 'str' не вызывается в моем snakemake для рабочего процесса RNA-seq

1 голос
/ 25 апреля 2019

Я хочу использовать snakemake для написания моего конвейера RNA-seq, но он всегда сообщает об одних и тех же ошибках. Это меня раздражает!

Ниже показан весь файл в данной папке.

|-- 01_raw
|   |-- epcr1_1.fastq
|   |-- epcr1_2.fastq
|   |-- epcr2_1.fastq
|   |-- epcr2_2.fastq
|   |-- wt1_1.fastq
|   |-- wt1_2.fastq
|   |-- wt2_1.fastq
|   `-- wt2_2.fastq
|-- 02_clean
|   `-- id.txt
|-- Snakefile
`-- Snakemake2.py

весь мой контент находится в Snakefile 

SBT=["wt1","wt2","epcr1","epcr2"]


rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz","02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",nico=SBT)

rule trim_galore:
    input:
        "01_raw/{nico}_1.fastq",
        "01_raw/{nico}_2.fastq"
    output:
        "02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_1.unpaired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",
        "02_clean/{nico}_2.unpaired.fq.gz",
    log:
        "02_clean/{nico}_qc.log"
    shell:
        "Trimmomatic PE -threads 16 {input[0]} {input[1]} {output[0]} {output[1]} {output[2]} {output[3]} ILLUMINACLIP:/software/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36 &"

, когда я использую команду "snakemake -np" для dry_run, надеюсь, она может работать без сбоев, но всегда сообщать одно и то жеошибки: 

TypeError in line 6 of /root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile:
'str' object is not callable
  File "/root/s/r/snakemake/my_rnaseq_data/Snakefile", line 6, in <module>

и строка6 - 

expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz","02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz",nico=SBT)

Я не знаю, что с ним не так.Это раздражает меня весь день!Надеюсь, что кто-нибудь может мне помочь. Спасибо заранее!

1 Ответ

1 голос
/ 25 апреля 2019

Проблема в том, как вы используете функцию expand в rule all.expand действует на одну строку, но вы поставили две.Это будет работать: 

rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_1.paired.fq.gz", nico=SBT),
        expand("02_clean/{nico}_2.paired.fq.gz", nico=SBT)

Или, вы могли бы еще упростить: 

rule all:
    input:
        expand("02_clean/{nico}_{n}.paired.fq.gz", nico=SBT, n=[1,2])
...