Изменить порядок условий при построении нормированных подсчетов для одного гена - PullRequest
Новая
       14

Изменить порядок условий при построении нормированных подсчетов для одного гена

0 голосов
/ 09 мая 2019

У меня есть df из 17 переменных (мои образцы) с местоположением состояния, которое я хотел бы построить на основе одного гена "белок фотосистемы II D1 1" 

View(metadata)

sample location
   <chr>  <chr>   
 1 X1344  West    
 2 X1345  West    
 3 X1365  West    
 4 X1366  West    
 5 X1367  West    
 6 X1419  West    
 7 X1420  West    
 8 X1421  West    
 9 X1473  Mid     
10 X1475  Mid     
11 X1528  Mid     
12 X1584  East    
13 X1585  East    
14 X1586  East    
15 X1678  East    
16 X1679  East    
17 X1680  East  

View(countdata)

func X1344 X1345 X1365 X1366 X1367 X1419 X1420 X1421 X1473 X1475 X1528 X1584 X1585 X1586 X1678 X1679 X1680

photosystem II protein D1 1 11208   6807    3483    4091    12198   7229    7404    5606    6059    7456    4007    2514    5709    2424    2346    4447    5567
  • countdata содержит тысячи генов, но я показываю только заголовки и интересующий ген

ddsMat был создан так: 

ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata,
                                  colData = metadata,
                                  design = ~ location)

При построении графика: 

library(DeSeq2)
plotCounts(ddsMat, "photosystem II protein D1 1", intgroup=c("location"))

По умолчанию функция отображает «условия» в алфавитном порядке, например: Восток-Средний Запад. Но я бы хотел заказать их, чтобы увидеть их на графике Запад-Средний Восток.

Проверьте plotCountsIMAGE здесь

Есть ли способ сделать это? Спасибо,

1 Ответ

0 голосов
/ 09 мая 2019

Я обнаружил, что вы можете вручную изменить порядок следующим образом: 

ddsMat$location <- factor(ddsMat$location, levels=c("West", "Mid", "East"))
...