Мне нужно проанализировать данные rna-seq, используя пакет airway в Rstudio, и мне нужно начать с подготовки матриц подсчета (я скачал файлы SRA + эталонный геном), и я не знаю, были ли они начать. Я работаю над выравниванием чтений с эталонным геномом
Я ввел следующий код в Rstudio:
for f in 'cat files'; do STAR --genomeDir ../STAR/ENSEMBL.homo_sapiens.release-75 \
--readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
--runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done
и получил эту ошибку:
Error: unexpected symbol in "for f"
--readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
Error: unexpected symbol in "--readFilesIn fastq"
--runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done
Error: unexpected numeric constant in "--runThreadN 12"