Мне нужно подготовить матрицы подсчета для пакета дыхательных путей, в Rstudio - PullRequest
Новая
       18

Мне нужно подготовить матрицы подсчета для пакета дыхательных путей, в Rstudio

0 голосов
/ 05 июня 2019

Мне нужно проанализировать данные rna-seq, используя пакет airway в Rstudio, и мне нужно начать с подготовки матриц подсчета (я скачал файлы SRA + эталонный геном), и я не знаю, были ли они начать. Я работаю над выравниванием чтений с эталонным геномом

Я ввел следующий код в Rstudio: 

for f in 'cat files'; do STAR --genomeDir ../STAR/ENSEMBL.homo_sapiens.release-75 \
--readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
--runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done

и получил эту ошибку: 

Error: unexpected symbol in "for f"
 --readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
Error: unexpected symbol in "--readFilesIn fastq"
 --runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done
Error: unexpected numeric constant in "--runThreadN 12"
...