Snakemake: Создание DAG из рабочих мест ... Ничего не поделаешь

Question

При змейке
Я получаю

Building DAG of jobs...
Nothing to be done.

и если я попытаюсь

snakemake -n dag

Я получаю

Building DAG of jobs...
MissingRuleException:
No rule to produce dag (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).

Я не могу понять, в чем проблема.

Мой основной файл змеи:

configfile: "config_rules/config.yaml"

include : "config_rules/wholeblood.smk"

файл wholeblood.smk:

# GLOBAL
g_blood = "whole"

rule all:
    input:
        expand("results/ttest_{suffix}_whole.fthr", suffix = config['suffix'])

rule wb_statstests:
    input:
        eset = "data/PAXgene/samples.all_genes.iqr/{}".format(config['whole'][0]),
        pattern_files = expand("data/GE_pattern_genes/{p_file}", p_file = config["pattern_files"])
    output:
        "results/ttest_{suffix}_whole.fthr"
    script:
        "scripts/stat_tests.R"

Answer 1

«Ничего не поделаешь».указывает, что все файлы, необходимые для правила all, уже существуют.Может быть, config["suffix"] пусто?

snakemake -n dag пытается вычислить график правил, которые должны быть выполнены, чтобы удовлетворить правило с именем "dag", или создать файл с таким именем.

Если вам нужно графическое представление выполняемых правил, вам нужна опция --dag, и вам нужно передать ее вывод в команду dot, чтобы получить изображение:

snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

(-n не требуется при создании графического представления)