Я не уверен насчет конфигурации кластера, но в отношении общего использования змеиного мата вещи, определенные на уровне правил, не имеют такого же использования, как вещи, которые вы определили бы в разделе params.
Я бы сказал, что самым важным отличием является то, что змеиный мейк "игнорирует" то, что определено как часть раздела params, при решении, какие экземпляры правил следует запускать, в то время как он использует вещи, определенные на уровне правил, чтобы решить, какие правила следует или может быть запущен в данный момент.
Вы можете определить все, что вы хотите в разделе params, и это используется только для определения действий правила (и вы можете управлять этим в разделе run или shell).
В отличие от этого, существует фиксированный список вещей, которые вы можете определить на уровне правил, например threads, ressources и priority, и snakemake «знает», как их использовать, чтобы определить, какие правила должны быть запущены. Эти вещи могут влиять или не влиять на действие правила, в зависимости от того, как и как вы их используете.
Способ использования вещей на уровне правил и вещей, определенных на params, отличается тем, что что-то, определенное в params, должно использоваться как атрибут объекта params (с использованием точечного синтаксиса Python). threads, определенный на уровне правила, может использоваться напрямую. Это позволяет избежать неясностей. Например:
rule foo:
# [...]
params:
threads=8
threads:
4
shell:
"""my_command -j {params.threads} -p {threads} -i {input} -o {output}"""
«Уровень правила» threads используется, чтобы не запускать больше правил, чем следует (учитывая общее количество «потоков», которые вы назначаете с помощью опции -j).
Обратите внимание, что это не мешает действию правила использовать больше потоков. Все зависит от того, как вы используете (или нет) переменную threads, и как программа, с которой вы работаете, работает с этим параметром.
Уровень правила ressources служит аналогичной цели. Snakemake учитывает их при принятии решения о том, какие правила запускать, учитывая общую сумму, предоставленную с помощью параметра командной строки --resources. Я не знаю, можете ли вы использовать их в действиях правила, но если это так, то, скорее всего, то же самое, что и с threads: фактический эффект будет зависеть от вызываемой программы и от того, как она вызывается. .
Аналогично, уровень правил priority будет использоваться snakemake, который решит, какие правила следует запускать, но не влияет на действие правила (если в разделе run или shell не имеется соответствующего объекта). и вы используете это явно для управления чем-либо в вызываемой вами программе).
Подведем итог:
- Вещи уровня правил принадлежат ограниченному набору, предопределенному snakemake, и автоматически используются для управления потоком выполнения правил .
params -определенные вещи могут иметь любое имя, и их действие ограничено действием правила . Эффект зависит от того, как вы используете их в определении действия (run или shell). - Уровень правила
threads также может использоваться для воздействия на действие правила. Необходимы дальнейшие исследования в отношении возможного использования на уровне действий priority или ressources.