Попытка понять, как работает импорт модулей (BioPython) в Sublime Text - PullRequest
Новая
       15

Попытка понять, как работает импорт модулей (BioPython) в Sublime Text

1 голос
/ 02 апреля 2019

Я новичок в кодировании в целом.Мне нравится использовать Sublime Text 3, но я столкнулся с проблемой, которую не могу понять.Я хочу использовать модуль BioPython в Sublime Text 3, но когда я пытаюсь импортировать модуль, я получаю: 

ImportError: No module named Bio

Я загрузил BioPython, как описано на их веб-сайте.Когда я иду в Терминал и набираю: 

python
>>> from Bio import SeqIO

Кажется, работает.Я чувствую, что это может быть как-то связано с PATH, и Sublime Text не имеет того же PATH, что и Terminal, но я почти не понимаю, что все это значит.

Если бы вы могли рассказать мне, что делатьв Sublime Text, чтобы решить эту проблему, это было бы здорово.

Если бы вы могли указать мне на ресурс, который подробно рассказывает о PATH, это было бы здорово.

Я понял, как решить эту проблему самостоятельно, и подумал, что 'Я поделился тем, что сделал для всех будущих обитателей, которые сталкивались с этим.

Я узнал, что столкнулся с проблемой, потому что у меня установлен BioPython через Miniconda, и хотя моя система использует Python через Miniconda, Sublime Textвсе еще использую мою предыдущую версию Python (я предполагаю, что это Python, который устанавливается по умолчанию в Mac OS).

  1. Откройте терминал и введите which python Вывод: /Users/my_username/miniconda2/bin/python

  2. В Sublime Text перейдите к Tools > Build System > New Build System...

  3. Откроется пустой файл сборки, вставьте следующее, чтобы файл читал именно это (ключ здесьзаключается в том, что путь в скобках после «cmd» - это путь, указывающий на Python, который вы хотите использовать (тот, который включает в себя модули, которые вы хотите использовать). 

{
    "cmd": ["/Users/my_username/miniconda2/bin/python", "-u", "$file"],
    "file_regex": "^[ ]*File \"(...*?)\", line ([0-9]*)",
    "selector": "source.python"
}

Сохраните файл, он будетбыть сохраненным в /Users/my_username/Library/ApplicationSupport/SublimeText3/Packages/User

Теперь в Sublime Text 3 перейдите к Tools > Build System и выберите только что сохраненную сборку.

Конец.

...