Предотвратить вымирание в Gillespie SSA в R - PullRequest
0 голосов
/ 10 марта 2019

Я пытаюсь запустить симуляцию Gillespie SSA в R так, чтобы при N = 0 процесс не завершался.Всякий раз, когда N = 0, симуляция прерывается и появляется сообщение «TerminationStatus: extinction».Это мой код:

#   N --(b+(k*(N*(N-1)))/(K_M^2+N*(N-1))--> N+1 # Production
#   N -- (g*N)+ eps --> N-1 # Decay
eps=0.00000000001
x0<-c(N=4) 
parms<-c(b=4,k=0,g=1,K_M=0.1)
a<-c("b+(k*(N*(N-1)))/(K_M^2+N*(N-1))","(g*N)+eps")
nu<-matrix(c(+1,-1),ncol=2)
tf<- 200
simName<-"Gillespie"
nf <- layout(matrix(c(1,2,3,4),ncol=2, byrow=T))
out<- ssa(x0,a,nu,parms,tf,method="D",simName,verbose=TRUE,consoleInterval=1,ignoreNegativeState=T)
ssa.plot(out,show.title=TRUE,show.legend=FALSE)

По сути, когда N = 0, я хочу, чтобы он прошел производственный путь, а не просто завершился.Есть ли способ переопределить критерии прекращения исчезновения?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...