Доступ к префиксу элементов списка конфигурации для получения значения из словаря

Question

Так что я пытаюсь построить конвейер, используя snakemake, и у меня есть небольшая проблема с доступом к значениям в словаре "small_reference" в файле конфигурации.В зависимости от образца, я хочу использовать другую ссылку для выравнивания.

Файл конфигурации:

samples: ['C130165', 'C014044p', 'C130166', 'C130157', 'C014040p', 'C014054b-1', 'C051198-A', 'C014042p', 'C052007W-C', 'C130167', 'C051198-B', 'C130157A', 'C130165A', 'C014038p', 'C052004-B', 'C051198-C', 'C052004-C', 'C130167', 'C052003-B', 'C130165', 'C052003-A', 'C052004-A', 'C052002-C', 'C130157', 'C052005-C', 'C130157W', 'C130167A', 'C130157A', 'C130166A', 'C052002-A', 'C130157N', 'C052006-B', 'C014063pW', 'C130157W', 'C130157N', 'C014054b-2', 'C052002-B', 'C130167A', 'C052006-C', 'C130166A', 'C052007W-B', 'C052003-C', 'C130165A', 'C014064bW', 'C052005-B', 'C130166', 'C052006-A', 'C052005-A']


reference: "/mnt/storage/refs/human_1kg/human_g1k_v37.fasta"

index: "/mnt/storage/refs/human_1kg/human_g1k_v37.fasta.fai"

dbsnp: "/mnt/storage/refs/human_1kg/dbsnp_137.b37.vcf"

small_reference: {
    C01: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/BRCA/BRCA12_PALB2.fasta",
    Z01: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/BRCA/BRCA12.fasta",
    C02: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/STICKLERS/STICKERS_ext.fasta",
    C03: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/TS/TS.fasta",
    C04: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/STICKLERS/STICKERS.fasta",
    C05: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/PKD_GANAB/PKD.fasta",
    C07: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/NEMO/NEMO.fasta",
    C08: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/HNPCC/HNPCC.fasta",
    C09: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/TAU/TAU.fasta",
    C10: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/THYROID/THYROID.fasta",
    C12: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/VWF/VWF.fasta",
    C13: "/mnt/storage/refs/human_1kg/human_g1k_v37.fasta",
    C17: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/DICER_PALB2/DICER_PALB2.fasta",
    C18: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/DICER_PALB2/DICER_PALB2.fasta",
}

baits: {
    C01: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/BRCA/BRCA12_PALB2.bed",
    Z01: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/BRCA/BRCA12_exons.bed",
    C02: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/STICKLERS/STICKERS_ext.bed",
    C03: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/TS/TS_exons.bed",
    C04: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/STICKLERS/STICKERS.bed",
    C05: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/PKD_GANAB/PKD.bed",
    C07: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/NEMO/NEMO.bed",
    C08: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/HNPCC/HNPCC.bed",
    C09: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/TAU/TAU.bed",
    C10: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/THYROID/THYROID_v2.bed",
    C12: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/VWF/VWF.bed",
    C13: "/mnt/storage/refs/human_1kg/human_g1k_v37.bed",
    C17: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/DICER_PALB2/DICER_PALB2.bed",
    C18: "/mnt/storage/projects/hiv_data/refs/DICER_PALB2/DICER_PALB2.bed",
}

В зависимости от первых 3 символов образца, я хочу выбрать другойссылка.Я написал функцию, которая могла бы добиться цели, когда config ["samples"] была просто строкой.Но теперь я хочу рассмотреть runfolders, поэтому у меня есть список образцов.

Рабочая функция:

def get_ref(wildcards):
    prefix = config["samples"][0:3]
    return config["small_reference"][prefix]

Я впервые получил эту ошибку Duplicate output file pattern in rule, когда я только изменил файл конфигурации (такпри запуске полного конвейера)

Правило теста:

rule test:
    input:
        fq = expand("{sample}.1.fq.gz", sample = config["samples"]),
        ref = get_ref
    shell:
        "echo {input.fq} {input.ref}"

Теперь у меня появляется эта ошибка при запуске правила теста:

InputFunctionException in line 17 of /mnt/storage/home/kimy/projects/automate_CP/scripts/Snakefile:
TypeError: unhashable type: 'list'
Wildcards:

Пример: C014038p ->C01 -> /mnt/storage/projects/hiv_data/refs/BRCA/BRCA12_PALB2.fasta

Как получить правильную "small_reference" в соответствии с префиксом образца, анализируемого конвейером?

Answer 1

Оказывается, у меня все неправильно, змей сделал, расширение () используется для создания подстановочных знаков -> укажите это только в правиле, но не в каждом правиле.
Модифицированная функция, которая работает:

def get_ref(wildcards):
    prefix = wildcards.sample[0:3]
    return config["small_reference"][prefix]