Как исправить старый код ggplot2 с параметром subset - PullRequest
Новая
       34

Как исправить старый код ggplot2 с параметром subset

0 голосов
/ 29 апреля 2019

Я хочу запустить этот код (ниже), чтобы получить дерево прибылей / убытков для некоторых данных ортофинджера.Я следовал руководству по github https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools

и прошел через все это, за исключением последней части для построения графика данных.

Я уверен, что есть множество способов сделать это в ggplot2, но было бы очень полезно, если бы кто-то знал, как исправить этот код, чтобы параметр subset больше не существовал.

Это сообщение об ошибке, которое я получаю:

Предупреждение: игнорирование неизвестных параметров: подмножество Предупреждение: игнорирование неизвестных параметров: подмножество Предупреждение: игнорирование неизвестных параметров: подмножество Предупреждение: игнорирование неизвестных параметров: подмножество Предупреждение: Игнорирование неизвестных параметров: подмножество. Предупреждающее сообщение: Дублированная эстетика после стандартизации имени: размер

Я еще не уверен, что эта ошибка эстетики принесет мне горе, но я знаю, что R больше нетиспользует subset, так что это определенно проблема. 

library(ggplot2)
library(ggtree)

user_report <- read.csv("outfile.phy_newstyle_report.txt", sep = "\t", header=TRUE, as.is=1, row.names=NULL)

user_tree <- read.tree("tree_4code_internal_labels.tree")

user_p <- ggplot(user_tree, aes(x, y), ladderize=TRUE) + geom_tree() + 
           theme_tree() + 
           geom_tiplab(size=3, align=TRUE, color="purple", x=13) + 
           xlab("") + ylab("") + 
           geom_text(aes(label=Gain, x=branch), size=3, color="springgreen4", vjust=-0.6, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Gain), size=3, color="springgreen4", hjust=0, subset=.(isTip), x=13.5) + 
           geom_text(aes(label=Loss, x=branch), size=3, color="firebrick3", vjust=1.3, subset=.(!isTip)) + 
           geom_text(aes(label=Loss), size=3, color="firebrick3", hjust=0, subset=.(isTip), x=14) + 
           geom_text(aes(label=node), size=2, hjust=-1.5, subset=.(!isTip), color="grey") + 
           scale_x_continuous(expand = c(.1, .2))

user_p <- user_p %<+% user_report

print(user_p)
...