У меня есть большой набор данных, у которого количество видов в разных точках.Я использовал вегетарианец, чтобы создать участок рукоположения, который показывает мои виды и места.С каждым участком связан тип среды обитания.Я хотел бы изобразить тип среды обитания в виде многоугольников на участке рукоположения.Я не уверен, как это сделать.
Я пытался поиграть с ordihull и ordiellipse, но я получаю различные ошибки.
Вот как я создаю свой NMDS:
df<- cast(df, Cluster + Point + Habitat ~ Species, value='ABUNDANCE', fun.aggregate = sum)
df<- (df[c(4:63)])
df<- as.matrix(as.data.frame(df), drop=FALSE)
dfNMDS <- metaMDS((df), trymax=100, k=2)
Это дает мне хороший сюжет:
ordiplot(dfNMDS ,type="n", xlim=c(-2,2))
orditorp(dfNMDS ,display="species",col="red",air=0.01)
Но когда я пытаюсь использовать ordihull, я полностью теряюсь.Я попытался включить ID точки и тип среды обитания для каждой точки в NMDS, а затем сделал это:
ordihull(df,groups=Habitat,display="sites",draw="polygon",col="grey90",label=F)
, но я получаю: Ошибка в seq (наряду с группами): объект 'Habitat' не найден.
Я честно стреляю в темноте и не могу найти никаких руководств, которые показывают, как строить полигоны на основе переменных в исходном наборе данных.Любая помощь будет оценена.