У меня есть правило в рабочем процессе snakemake, которое может создавать пустой выходной файл, в зависимости от ввода.Этот выходной файл затем используется в другом правиле, команда которого будет полностью в порядке с пустым файлом в качестве входных данных, пока существует путь для этого входного файла, и все еще успешно завершается с правильным результатом.Есть ли способ, которым я могу написать рабочий процесс, чтобы snakemake не считал, что первое правило не удалось, потому что оно породило пустой файл?
Редактировать с некоторыми выводами из snakemake:
RuleException:
CalledProcessError in line 123 of /home/ckern/All_Species_Chromatin_Model/Snakefile:
Command ' set -euo pipefail; grep E6$ Model_10/Cattle_Cortex_10_segments.bed > Model_10/Cattle_Cortex_10_E6.bed ' returned non-zero exit status 1.
File "/home/ckern/All_Species_Chromatin_Model/Snakefile", line 123, in __rule_split_states
File "/share/apps/conda3/miniconda3/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 56, in run
Removing output files of failed job split_states since they might be corrupted:
Model_10/Cattle_Cortex_10_E6.bed
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message