Я пытаюсь автоматизировать процедуру сравнения колокализации на двух изображениях, используя режим без головы на Фиджи.
Краткая процедура того, что я пытаюсь сделать:
- Откройте изображение, разделите каналы и закройте синий и зеленый каналы.
- Откройте второе изображение и снова разделите каналы, а затем закройте синий и зеленый каналы.
- Анализ двух изображений красного каналаиспользуя coloc 2 и сохраните файл журнала.
Я добавил исходную папку imagej к пути, поэтому вот код пакета, который у меня есть:
imagej-win64 --ij2 --headless MZ_104.0263.png -run "Split Channels" -run "Close" -run "Close" MZ_108.0951.png -run "Split Channels" -run "Close" -run "Close" -run "Coloc 2"
Какпродолжить после этого?Управление различными опциями, которые предлагает coloc 2, затем запуск его, а затем сохранение отчета и файлов журнала (используя выбранную схему именования)?
Кроме того, мне нужно сделать это для нескольких пар изображений,если есть способ сделать это эффективно.
Если есть другие способы выполнения этой задачи, они также будут полезны.
Любая помощь будет высоко ценится.Я также приложил изображения, которые я использую.
Veerupaksh
MZ_104.0263.png
MZ_108.0951.png