Как протонировать молекулу в rdkit? - PullRequest
Новая
       43

Как протонировать молекулу в rdkit?

0 голосов
/ 24 марта 2019

Представляю рабочий процесс для масс-спектров ESI положительных ионов, основанный на фрагментации ионов [M + H] +.Я хочу смоделировать ионизацию путем добавления одного протона к гетероатомам.Например, 

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG

# read mol
mol = Chem.MolFromSmiles('O=C(O)C1=CC(=NNC2=CC=C(C=C2)C(=O)NCCC(=O)O)C=CC1=O')

# draw the mol
dr = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(800,800)
dr.SetFontSize(0.3)
op = dr.drawOptions()
for i in range(mol.GetNumAtoms()) :
  op.atomLabels[i] = mol.GetAtomWithIdx(i).GetSymbol() + str((i+1))
  AllChem.Compute2DCoords(mol)
  dr.DrawMolecule(mol)
  dr.FinishDrawing()
  svg = dr.GetDrawingText()
  SVG(svg)

Я хочу добавить один протон к атому N с индексом # 17 и ионизировать молекулу.Как этого добиться в rdkit?

1 Ответ

1 голос
/ 25 марта 2019

Эти функции вам нужны? 

atom = mol.GetAtomWithIdx(17)
atom.SetNumExplicitHs(1)
atom.SetFormalCharge(1)
...