Как сделать так, чтобы все строки в графике отсчета начинались с контрольной группы - PullRequest
Новая
       19

Как сделать так, чтобы все строки в графике отсчета начинались с контрольной группы

0 голосов
/ 10 июня 2019

Я пытаюсь построить график подсчета на основе данных RNA-seq для отдельных генов. Меня интересуют только сравнения между каждым лечением и контрольной группой, и мои данные спарены, поэтому я пытаюсь это показать. Мне удалось сделать график слева ( Количество одиночных генов ) с помощью функции plotCounts в DEseq2, а затем немного изменить график. Код следующий: 

data <- plotCounts(dds, gene="GB41122", intgroup=c("Treatment", "Home", "Behaviour"), returnData=TRUE)
data <- ggplot(data, aes(x=Treatment, y=count, shape = Behaviour, color=Home, group=Home)) +
  scale_y_log10() + 
  geom_point() + geom_line()

Как это можно изменить, чтобы график выглядел как тот, что справа?

Кроме того, как я могу изменить порядок уровней лечения, чтобы у меня был ctr слева, а затем CO1 и CO2 справа?

Спасибо! Andrea

1 Ответ

0 голосов
/ 10 июня 2019

Я не знаю, как изменить строки, но чтобы изменить уровни обработки, попробуйте добавить это в свой код:

+ scale_x_discrete(limits=c("Ctr", "CO1", "CO2"))

...