Я использую maven религиозно для упаковки и распространения программ Java. Обычно я использую его только для передачи в одно место (мой сервер), но это довольно гибкий инструмент. В частности, я использую плагин для развертывания.
Однако, если вы хотите, чтобы что-то, что можно было использовать в качестве установщика для упаковки целого ряда необходимых компонентов вместе с вашим приложением, взгляните на IzPack .