Pymol дает ошибку сегмента, если и только если вызывается из скрипта bash

Question

Итак, я пишу код для загрузки и выравнивания двух разных файлов pdb в pymol, а затем сохраняю части из каждого.Мне нужно будет запустить его на нескольких разных файлах.К сожалению, когда я пытаюсь запустить pymol из bash-скрипта, происходит сбой.Это даже seg-faults, если я только скажу ему запустить pymol, что никогда не происходит, когда я запускаю pymol из командной строки (набирается вручную).Почему это происходит, как я могу исправить или обойти проблему с ошибкой сегмента?

Я попытался уменьшить сценарий bash, чтобы вызвать только pymol, чтобы определить, где была проблема, он по-прежнему дает сброшенное ядро ​​ошибки сегмента.ошибка

Редактировать: чтобы уточнить, выровняйте файл align.sh, который находится прямо под ним и вызывает только pymol

#!/bin/bash
pymol
#run align2.py
#aligning x147new.pdb, c2pucker.pdb

./align.sh: line 2: 21815 Segmentation fault      (core dumped) pymol

Answer 1

Спасибо за вашу помощь, Дэнлор, похоже, на этой машине есть и другие проблемы, связанные с повреждением из-за (к сожалению, довольно несуществующей) загрузки pacol anaconda (как только я скачал Schrodingers, чтобы попытаться выяснить сценарий на python дляпри получении результатов избегайте как командной строки, так и графического интерфейса, ничего в pymol не будет работать).Как только я перезагружаюсь, он также вылетает из командной строки, как и из сценария.В качестве дополнительного примечания: если кто-нибудь может помочь мне найти другое место, где могут быть скрыты файлы pymol, чтобы я мог получить чистую установку, это было бы очень полезно.