Как выполнить смешанный дизайн ANOVA на MICE вмененных данных в R? - PullRequest
0 голосов
/ 03 января 2019

У меня есть вопрос о выполнении ANOVA смешанного дизайна в R после многократного вменения с использованием MICE. Мои данные таковы:

id <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
group <- c(0,1,1,0,0,1,0,0,0,1)
measure_1 <- c(60,80,90,54,60,61,77,67,88,90)
measure_2 <- c(55,88,88,55,70,62,78,66,65,92)
measure_3 <- c(58,88,85,56,68,62,89,62,70,99)
measure_4 <- c(64,80,78,92,65,64,87,65,67,96)
measure_5 <- c(64,85,80,65,74,69,90,65,70,99)
measure_6 <- c(70,83,80,55,73,64,91,65,91,89)    
dat <- data.frame(id, group, measure_1, measure_2, measure_3, measure_4, measure_5, measure_6)
dat$group <- as.factor(dat$group)

Итак: у нас есть 6 повторных измерений диастолического артериального давления (от 1 до 6). Фактором группировки является пол, который называется группой. Эта переменная кодируется 1, если мужчина, и 0, если женщина. Перед многократным вменением мы использовали следующий код в R:

library(reshape)
library(reshape2)
datLong <- melt(dat, id = c("id", "group"), measured = c("measure_1", "measure_2", "measure_3", "measure_4", "measure_5", "measure_6"))
datLong

colnames(datLong) <- c("ID", "Gender", "Time", "Score")
datLong
table(datLong$Time) 
datLong$ID <- as.factor(datLong$ID)

library(ez)
model_mixed <- ezANOVA(data = datLong, 
               dv = Value, 
               wid = ID, 
               within = Time, 
               between = Gender, 
               detailed = TRUE, 
               type = 3, 
               return_aov = TRUE)
model_mixed 

Это сработало отлично. Однако наши данные не полны. У нас отсутствуют значения, которые мы вменяем с помощью MICE:

id <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
group <- c(0,1,1,0,0,1,0,0,0,1)
measure_1 <- c(60,80,90,54,60,61,77,67,88,90)
measure_2 <- c(55,NA,88,55,70,62,78,66,65,92)
measure_3 <- c(58,88,85,56,68,62,89,62,70,99)
measure_4 <- c(64,80,78,92,NA,NA,87,65,67,96)
measure_5 <- c(64,85,80,65,74,69,90,65,70,99)
measure_6 <- c(70,NA,80,55,73,64,91,65,91,89)    
dat <- data.frame(id, group, measure_1, measure_2, measure_3, measure_4, measure_5, measure_6)
dat$group <- as.factor(dat$group)

imp_anova <- mice(dat, maxit = 0)
meth <- imp_anova$method
pred <- imp_anova$predictorMatrix
imp_anova <- mice(dat, method = meth, predictorMatrix = pred, seed = 2018, maxit = 10, m = 5)

(Вменение дает зарегистрированные события из-за подготовленных данных и простого кода вменения, например, id, используемого в качестве предиктора. Для моих реальных данных вменение было правильным и действительным)

Теперь у меня есть вмененный набор данных класса "mids". Я искал в Интернете, но я не могу найти, как я могу выполнить смешанный дизайн ANOVA на этом вмененном наборе, как я делал раньше с полным набором, используя ezANOVA. Есть ли кто-нибудь, кто может и хочет мне помочь?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...