Обратите внимание, что ваша среда, которую вы используете для запуска Python (второе изображение), использует Anaconda Python Distribution.
Когда вы устанавливаете, используя команду из первого образа, вы устанавливаете в среде Python3, но не в среде Anaconda Distribution.
Попробуйте запустить следующую команду для установки пакета в Anaconda:
conda install biopython