Я применяю пользовательский метод к кадру данных, используя метод apply. Когда передается информационный фрейм с более чем 2 строками (кортежами), это приводит к тому, что ядро завершает работу (прерывается) в блокноте jupyter. При запуске того же самого на терминале это приводит к Ошибка сегментации .
Метод работает для отдельной строки или для 2 строк, но не более того. Оба вызова ниже работают с пользовательской функцией myTrial.
myTrial(pd.ix[3,:])
newPD2 = pd.head(2).apply(myTrial, axis=1)
Но это приводит к следующей ошибке.
newPD2 = pd.head(3).apply(myTrial, axis=1)
The kernel appears to have died. It will restart automatically.
Метод myTrial использует функцию выравнивания pairwise2.align.globalmx из BioPython и другие встроенные функции Python. Я предоставляю функцию ниже:
У меня есть фрейм данных с 10000 строк и 8 столбцов. Я подаю в суд на сервер с 256 ГБ оперативной памяти.
Функция выглядит следующим образом
from Bio import pairwise2
def myTrial(pdf):
source = pdf['source']
targ = pdf['target']
if source == targ:
pdf['sourceAlign'] = source
pdf['targetAlign'] = source
pdf['joint'] = source
return pdf
alignments = pairwise2.align.globalmx(source, targ,1,-0.5)
summaDict = dict()
for item in alignments:
lenList = list()
i = 0
while i < len(item[0]):
con = 0
while item[0][i] == item[1][i]:
con += 1
i += 1
if con == 0:
i += 1
else:
lenList.append((con,item[0][i-con:i],item))
con =0
summa = 0
for thing in lenList:
summa += (thing[0]*thing[0])
try:
summaDict[summa].append(lenList)
except:
summaDict[summa] = list()
summaDict[summa].append(lenList)
stuff = sorted(summaDict.keys(),reverse=True)[0]
if len(summaDict[stuff]) > 1:
print(source,targ,summaDict[stuff])
words = summaDict[stuff][0][0][2]
jointWord = ''
for inda in range(len(words[0])):
if words[0][inda] == words[1][inda]:
jointWord += words[0][inda]
else:
if words[0][inda] != '-':
jointWord += 'DEL('+words[0][inda]+')'
if words[1][inda] != '-':
jointWord += 'INS('+words[1][inda]+')'
pdf['sourceAlign'] = words[0]
pdf['targetAlign'] = words[1]
pdf['joint'] = jointWord
return pdf
Фрейм данных выглядит следующим образом
type | source | props | target | subtype | p0 | p1 | p2 | p3 | p4
0 | ADJ | najprzytulniejszy | [NEUT, INS, SG] | najprzytulniejszym | NaN | NEUT | INS | SG | None | None
1 | ADJ | sadystyczny | [MASC, DAT, SG] | sadystycznemu | NaN | MASC | DAT | SG | None | None
2 | V | wyrzucić | [FUT, 2, SG] | wyrzucisz | NaN | FUT | 2 | SG | None | None
3 | N | świat | [ACC, SG] | świat | NaN | ACC | SG | None | None | None
4 | N | Marsjanin | [INS, PL] | Marsjanami | NaN | INS | PL | None | None | None
Вывод на консоль также не является справкой:
[I 19:16:45.709 NotebookApp] Kernel restarted: 604e9df5-6630-4a12-9c13-e9d7a4835da2
[I 19:17:00.710 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
WARNING:root:kernel 604e9df5-6630-4a12-9c13-e9d7a4835da2 restarted
В чем может быть причина?