Итак, я не знаю, насколько это правильно, но изменение кода помогло решить проблему:
$icmlData = file_get_contents($config['icml']);
$xmlIter = new SimpleXMLElement($icmlData);
$i = 0;
foreach ($xmlIter->shop->offers->offer as $offer) {
$id = $offer->attributes()['id'];
$id = strval($id);
$xmlIter->shop->offers->offer[$i]->addChild('externalId', $id);
$xmlIter->shop->offers->offer[$i]->addChild('xmlId', $id);
$i++;
}
$result = file_put_contents(__DIR__ . DIRECTORY_SEPARATOR . 'icml_t.xml', $xmlIter->asXML());