проблемы с парным взрывом в биопионе - PullRequest
Новая
       45

проблемы с парным взрывом в биопионе

0 голосов
/ 07 февраля 2019

Я пытаюсь запустить попарный взрыв между двумя последовательностями в скрипте Python и с помощью инструментов взрыва биопиона.

У меня нет проблем при запуске взрыва для локальной базы данных, добавив параметр db='blast_database' в blast_cline.Но если я заменю этот параметр на subject='tmp_subject.fas', он не будет работать.

Мой код: 

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline

blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5, out='tmp.xml')

blast_cline()

Я получу это сообщение об ошибке: 

Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 3 from 'blastn -out tmp.xml -outfmt 5 -query tmp_query.fas -evalue 1 -subject tmp_subject.fas', message 'BLAST engine error: Empty CBlastQueryVector'

1 Ответ

0 голосов
/ 12 февраля 2019

это должно работать: 

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='tmp_query.fas', subject='tmp_subject.fas', evalue=1, outfmt=5)()[0]
print(blast_cline)
...