Как выполнить локальный запрос к локальной базе данных в python / biopython? - PullRequest
Новая
       69

Как выполнить локальный запрос к локальной базе данных в python / biopython?

0 голосов
/ 23 марта 2019

Прежде всего, я хочу сказать, что я новичок в программировании.У меня есть 2 zip-файла (каждый из которых содержит одну базу данных) и 4 файла fast (каждый из которых содержит последовательность белка и один содержит последовательность нуклеотида).

Я хотел бы создать программу, которую пользователь может выбрать изменю, чтобы запустить файл аминокислоты или нуклеотида в своей базе данных соответственно.Код, упомянутый ниже, был лучшим, что я смог сделать.К сожалению, это не работает вообще.Я буду очень признателен, если бы вы могли указать мне, как справиться с этим? 

import sys 
import zipfile

def main():
def menu():

print("*****MAIN MENU*****")`

print()

choice = input("""
                  A: For nucleotide "DNA" quest 
                  B: For amino acid "Protein" quest 
                  Q: For Exit the program
                  Please enter your choice: """)

if choice == "A" or choice =="a":
    Dnaquery()

elif choice == "B" or choice =="b":
    Proteinquery()

elif choice=="Q" or choice=="q":
    sys.exit
else:
    print("You must only select either A,B,or Q.")
    print("Please try again")
    menu()

    def Dnaquery(): #for nucletide query
       with zipfile.ZipFile("Dna.zip","r") as zip_ref:
          zip_ref.extractall("C:\Users\Gpapa\Desktop\Zipfiles\DnaDatabase>")

       from Bio.Blast import NCBIWWW
       fasta_string = open("Dna.fasta").read()
       result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)

   def Proteinquery(): #for protein query
   with zipfile.ZipFile("Protein.zip","r") as zip_ref:
             zip_ref.extractall("C:\Users\Gpapa\Desktop\Zipfiles\ProteinDatabase>")
    def menu2 ()
    print("************Select Protein 2 blast **************")

    print()

     choice = input("""
                  1: For Protein Query 1
                  2: For Protein Query 2
                  3: For Protein Query 3
                  Please enter your choice: """)

     if choice == 1:
      from Bio.Blast import NCBIWWW
      fasta_string = open("protein1.fasta").read()
       result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "prot", fasta_string)

     elif choice == 2:
     from Bio.Blast import NCBIWWW
      fasta_string = open("protein2.fasta").read()
      result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "prot", fasta_string)
      elif choice==3:
      from Bio.Blast import NCBIWWW
      fasta_string = open("protein3.fasta").read()
      result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "prot", fasta_string)
      else:
       print("You must only select either 1,2,or 3")
       print("Please try again")
    menu2()

    main()

1 Ответ

0 голосов
/ 25 марта 2019

Похоже, вы взрываете NCBI, а не местный взрыв. Я предлагаю вам начать здесь для местного BLAST:

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

...