Как исключить или указать несколько организмов в Blast в Biopython?модуль NCBIWWW - PullRequest
Новая
       51

Как исключить или указать несколько организмов в Blast в Biopython?модуль NCBIWWW

0 голосов
/ 20 сентября 2019

код ниже работает для взрыва против NCBI, однако я борюсь с указанием нескольких организмов , я могу указать один организм (ниже), но я не знаю, как исключить некоторые организмы из взрыва или каквзорвать несколько организмов :-( Есть идеи? 

from Bio import SeqIO
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio import Entrez
Entrez.email = "xxx@gmail.com"

fastafile = open('trypka.fasta')
result_handle = NCBIWWW.qblast('blastp', 'nr', fastafile.read(), **entrez_query='"Leishmania major" 
[Organism]')**
with open ('result.xml', 'w') as res:
        res.write(result_handle.read())
   fastafile.close()


from Bio.Blast import NCBIXML
blastout = open('result.xml')
blast_records = NCBIXML.parse(blastout)
for record in blast_records:
    print(record.alignments[1].hit_id, record.alignments[3].hit_def, record.alignments[0].hsps)
...