Возможно ли сделать игбласт (анализ последовательностей иммуноглобулина (Ig)) с питоном / биопионом? - PullRequest
Новая
       49

Возможно ли сделать игбласт (анализ последовательностей иммуноглобулина (Ig)) с питоном / биопионом?

0 голосов
/ 03 ноября 2018

Я новичок в python / biopython и попробовал взорвать, используя biopython, например: 

from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("C:\\xxxx\\xxxx\\xxxx\\abc.fasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nr", fasta_string)
    print result_handle.read()

Мне было интересно, возможно ли запустить igblast с использованием биопиона. Я искал это, но, кажется, никто действительно не делает это.

1 Ответ

0 голосов
/ 05 ноября 2018

Я не пробовал их, но нашел:

  1. pyigblast .

PyIgBlast - Parser с открытым исходным кодом для вызова IgBlast и анализа результатов для высокопроизводительное секвенирование. Использует Python мульти-обработку, чтобы обойти узкие места IgBlast многопоточность. Разбирает выходной поток до исключены файлы (CSV, JSON) для загрузки в базы данных. Можно подключить напрямую с экземплярами mysql и mongo для прямой вставки.

Код использует Python 2.7 и BioPython.

  1. PyIR

Программное обеспечение для перегруппировки иммуноглобулинов и Т-клеточных рецепторов. Оболочка Python для IgBLAST, которая масштабируется для параллельной обработки миллионов операций чтения на компьютерах с общей памятью. Весь вывод хранится в удобном формате JSON.

Код использует Python 3.6 и BioPython.

Оба инструмента используют локально установленный igblastn исполняемый файл. Вы можете установить igblastn локально с помощью conda install igblast.

...