Пакет CRAN с байесовской логистической регрессией по схеме Поля-Гамма

Question

Я поддерживаю пакет, который использует BayesLogit для байесовской логистической регрессии с использованием метода скрытой переменной Поля-Гамма и возвращаю выборки из цепочки Маркова-Монте-Карло (MCMC).BayesLogit больше не работает в CRAN, и я могу установить предыдущую версию с

install_version("BayesLogit", version = "0.6")

Но этот хак предотвратит отправку моего пакета в CRAN. исходный код последний раз обновлялся год назад, поэтому я не думаю, что он вернется в CRAN.

Я нашел другой пакет , который делает то же самое спохожий синтаксис.Но этот пакет также не входит в CRAN и устанавливается с

devtools::install_github("kasparmartens/PolyaGamma")

Реализует ли пакет CRAN байесовскую логистическую регрессию с использованием схемы Поля-Гамма и возвращает образцы MCMC?

Answer 1

Мы решили использовать RStan, потому что он уже был на CRAN, и мы использовали его в другой части пакета.У нас было более сильное предпочтение чему-то на CRAN, который реализовал байесовскую регрессию, чем схема Поля-Гамма.

Файл Stan содержит:

// Code for 0-1 loss Bayes Logistic Regression model
data {
  int<lower=0> n; // number of observations
  int<lower=0> p; // number of covariates
  matrix[n,p] x; // Matrix of covariates
  int<lower=0,upper=1> y[n]; // Responses
  real<lower=0> beta_sd; // Stdev of beta
}
parameters {
  vector[p] beta;
}
model {
  beta ~ normal(0,beta_sd);
  y ~ bernoulli_logit(x * beta); // Logistic regression
}

И мы называем это с помощью:

bayes_log_reg <- rstan::stan(stan_file, data = data, seed = seed,
                      iter = n_bootstrap * 2, chains = 1)
stan_bayes_sample <- rstan::extract(bayes_log_reg)$beta

См. виньетка пакета для получения полной информации.

Я понимаю, что многие другие пакеты реализуют байесовскую логистическую регрессию в общем случае.

Answer 2

Я и коллега находились в аналогичной ситуации (пакет, который мы зависели от BayesLogit и в конечном итоге были заархивированы), поэтому мы решили упаковать нашу реализацию сэмплера C ++ Polya-Gamma, которую мы разработали для MATLAB, в пакет R,В настоящее время он работает на CRAN как пакет pgdraw .По результатам нашего тестирования он даже немного быстрее, чем оригинальный пакет BayesLogit.