Чтобы ответить на этот вопрос, я думаю, что вам нужно ответить на более фундаментальный вопрос: «Является ли Y = NaN меткой?»
Если вы хотите, чтобы обученная модель предсказывала одну из трех меток (Да, Нет, NaN) затем заполните NaN с меткой (например, «Отсутствует»).Если нет (да или нет), тогда я не вижу, как вы можете тренироваться на наблюдениях без цели.Брось те и тренируйся на отдыхе.