Я добавляю новые vcf-файлы в ранее созданный bcf-файл, в котором поле идентификатора в VCF было установлено на CHR:POS:POS:REF:ALT?
CHR:POS:POS:REF:ALT
Как установить поле идентификатора в VCF на CHR:POS:POS:REF:ALT?
Я полагаю, вы ищете вариант --set-id.Из документации на http://www.htslib.org/doc/bcftools.html:
--set-id
Для присвоения идентификатора:
bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS\_%REF\_%FIRST_ALT' file.vcf