Моя цель - использовать bcftools, чтобы проверить, совпадают ли эталонные аллели в моем наборе данных (файл vcf) с эталонным геномом (файл fasta) с помощью плагина fixref.
Работая в командной строке, я сначала установил следующая среда:
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
Следующий код рекомендуется для тестовых наборов данных с несоответствиями:
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
Когда я запускаю этот код, используя мои собственные файлы (обратите внимание, что мои данные. vcf, а не .bcf) Я получаю следующую ошибку:
[main] Unrecognized command
Если я просто введу:
bcftools
Я получу список только из 5 команд (view, index, cat , ld, ldpair), что я могу использовать. Итак, хотя я настроил среду, нужно ли ее как-то активировать? Нужно ли запускать мою команду через скрипт bash?