Почему bcftools / bgzip ведет себя по-разному при запуске через conda run против conda активации? - PullRequest
Новая
       23

Почему bcftools / bgzip ведет себя по-разному при запуске через conda run против conda активации?

0 голосов
/ 13 января 2020

Я пытаюсь запустить утилиту bcftools bgzip для сжатия файла VCF. У меня есть небольшая среда conda, настроенная для bcftools.

environment.yaml Содержимое файла: 

name: FAWMIPS_bcftools
channels:
    - bioconda
dependencies:
    - bcftools=1.9

Я получаю разные результаты в зависимости от того, запускаю ли я bgzip через активированную среду conda и conda run: 

conda activate FAWMIPS_bcftools; bgzip -c phased.vcf > phased.1.vcf.gz; conda deactivate

conda run --name FAWMIPS_bcftools bgzip -c phased.vcf > phased.2.vcf.gz

ls -lh phased.*.vcf.gz
-rw-rw-r--. 1 nick nick 429K Jan 13 13:23 phased.1.vcf.gz
-rw-rw-r--. 1 nick nick 778K Jan 13 13:25 phased.2.vcf.gz

conda activate FAWMIPS_bcftools
htsfile phased.*.vcf.gz
phased.1.vcf.gz:        VCF version 4.2 BGZF-compressed variant calling data
phased.2.vcf.gz:        SAM version 1 sequence text

phased.1.vcf.gz - это то, что я хочу, но это часть большого рабочего процесса, запускаемого из Makefile, поэтому я бы хотел чтобы иметь возможность использовать conda run.

Есть идеи?

...